提起五四，人们首先会想起蔡元培先生。蔡先生是我国近代史上一位著名的民主革命家，一位为振兴中华培养了一批批英才的杰出教育家。他1917年1月4日出任北京大学校长，因提倡“思想自由”、“兼容并包”而使北京大学群贤毕至，精英荟萃，成为了新文化思想的传播中心，五四爱国运动的发祥地。蔡先生历来认为，学生在校“应以求学为最大目的，不应有何等政治之组织。其有年在20岁以上，对于政治有特殊兴趣者，可以个人资格参加政治团体，不必牵涉学校。”(《我在北京大学的经历》，载1934年1月1日《东方杂志》第31卷第一号)然而五四那天北大学生整队出发游行，他并没有力阻。当时教育总长傅增湘曾给他打电话，令他负责召回学生，并立即赴教育部商量对策。蔡直言相告：“学生爱国运动，我不忍制止”，并拒绝去教育部。(《蔡元培研究集》，第343页，北京大学出版社1999年8月出版)当晚，蔡元培回北京大学商讨营救被捕学生事宜。他说：“被捕同学的安全，是我的事，一切由我负责。”5月5日下午2时，蔡元培与北京13所大专院校校长召开联席会议，要求释放学生。蔡元培在会上表示：“愿以一人抵罪”；又表示：“如危及身体，而保全大学，亦无所不可。”

  5月7日，北京政府迫于舆论压力决定释放学生。5月8日拟下令查办蔡元培并内定马其昶为北大校长。5月9日，蔡元培“引咎辞职”，秘密出京。他说：“我恐若因此增加学生对于政府的纠纷，我个人且将有运动学生保持地位的嫌疑，不可以不速去。”5月11日，蔡元培在旅途中给北大学生来信，解释他辞职并出京的原因：“仆深信诸君本月四日之举纯出于爱国之热忱。仆亦国民之一，岂有不满意于诸君之理？惟在校言校，为国立大学校长者，当然引咎辞职。仆所以不于五日即提出辞呈者，以有少数学生被拘警署，不得不立于校长之地位以为之尽力也。今幸承教育总长，警察厅总监之主持，及他校校长之援助，被拘诸生均经保释，仆所能尽之责，止于此矣，如不辞职，更待何时？至一面提出辞呈，一边出京，且不以行踪告人者，所以避挽留之虚套而促继任者之早于发表，无他意也……”(转引自杨亮功、蔡晓舟合编：《五四》，台湾传记文学出版社1993年6月出版)，五四运动取得光辉胜利后，在北大师生与各方人士的强烈要求之下，蔡先生于9月12日由杭州返回北京，重新主持北大校务。

  1940年3月5日，蔡元培在香港病逝，终年72岁。